Hinsichtlich ihrer Wirkung unterscheiden Ernährungswissenschaftler lösliche von unlöslichen Ballaststoffen: Lösliche Ballaststoffe wie Guar, Pektin und Agar-Agar sind besonders in Obst und Gemüse sowie in Hafer enthalten. Im Dickdarm binden sie sich an Gallensäuren, die dadurch mit dem Stuhl ausgeschieden werden. Um neue Gallensäuren zu bilden, verwertet der Körper Cholesterin, und folglich sinkt der Cholesterinspiegel im Blut. Außerdem entstehen beim bakteriellen Abbau dieser Ballaststoffe im Dickdarm bestimmte Spaltprodukte, welche die Cholesterinsynthese in der Leber hemmen. Gerade bei der Ernährung von Diabetikern spielen lösliche Ballaststoffe eine wichtige Rolle: Nach einer Mahlzeit verhindern sie ein zu rasches Ansteigen der Blutzuckerwerte. Unlösliche Ballaststoffe wie Lignin, Zellulose und Hemizellulose stecken vor allem in den Randschichten von Getreidekörnern, also in Vollkorngetreide und Vollkornprodukten. Im Dickdarm binden sie Wasser und quellen auf. Zusätzlich bilden sie die Nahrungsgrundlage der Bakterien im Darm, die sich vermehren können und große Mengen an Stoffwechselprodukten herstellen. Auf diese Weise füllt sich der Darm, wodurch wiederum die Darmbewegung angeregt wird. Der Stuhl wird insgesamt lockerer und schneller ausgeschieden. Ballaststoffreiche Ernährung fördert eine geregelte Verdauung, senkt das Dickdarmkrebsrisiko und schützt so vor einer Reihe weiterer Erkrankungen des Enddarms (z.B. Hämorrhoiden). Nachteilig kann sich möglicherweise auswirken, dass Ballaststoffe die Aufnahme von Mineralstoffen in den Körper hemmen. Wer sich mit Vollkornprodukten ernährt, dessen Körper erhält normalerweise trotzdem mehr als genug Mineralstoffe. Nur wenn isolierte Ballaststoffe (z.B. Weizenkeime) in großen Mengen aufgenommen werden, können Probleme bei der Mineralstoffversorgung mit Zink, Calcium, Eisen und Magnesium auftreten.